Die sowohl lern- wie persönlichkeitstheoretische Begründung der Lerntherapie hat eine doppelte Zielorientierung zur Folge: Einerseits das Beachten des Lernens – insbesondere der Lern-Qualität – und andererseits das Beachten der Entwicklung und der Befindlichkeit der Persönlichkeit.
Um diesem Anliegen in der Praxis gerecht werden zu können, verfügt die Lerntherapie über ein vierstufiges Handlungs-Modell:

In der ersten Phase orientieren wir uns lern- und handlungstechnisch.
Die Arbeit auf dieser Stufe ist bei einfachen Lernproblemen und -Schwierigkeiten, welche häufig auf Grund unglücklicher vorübergehender Lehr- und Lernsituationen entstanden sind, angezeigt. Die Arbeit auf dieser Stufe steht nie nur im Interesse eines kurzfristigen Lernerfolgs, sondern hat immer auch die Vermittlung der Entwicklung der eigenen Kräfte und Möglichkeiten zum Ziel.

In der nächsten Phase nimmt die Bedeutung der Persönlichkeitsarbeit zu.
Die Arbeit auf dieser Stufe ist vor allem dort angezeigt, wo die Lernschwierigkeiten vorwiegend der inneren Dynamik der Person entspringen oder auch überall dort, wo eine erhöhte Sensibilisierung und Selbstwahrnehmung im Zugang zu und im Umgang mit sich selbst und der Welt erwünscht ist. Ziel neben dem angestrebten Lernerfolg ist hier höhere Selbst- und Handlungskompetenz. Die Arbeit vollzieht sich in konkreter Lernaktivität persönlichkeits- und prozessorientiert.

Im Weiteren hat die Persönlichkeitsarbeit Vorrang.
Arbeit auf dieser Stufe ist vor allem dann angebracht, wenn die Lernschwierigkeiten aus der inneren Dynamik – z. B. Lernwiderständen – resultieren. Diese Problematik tritt in allen Altersstufen auf und akzentuiert sich im Jugend- und Erwachsenenalter (Selbstfindung, Verinnerlichung von Konflikten u.a.).Sie ist aber auch im Kindesalter (Anfang der «Schulkarriere») nicht zu unterschätzen. Die Arbeit auf Stufe III ist psychotherapeutischer Arbeit sehr nahe und kann entsprechend auch Wegbereiter zu einer erwünschten Psychotherapie oder Psychoanalyse sein. Im Zusammenhang mit dem Lernen ist diese Stufe besonders wichtig, da Lernschwierigkeiten oder -blockaden, die dem Inneren der Person entspringen, rein lerntechnischen Bemühungen nicht zugänglich sind.

Dann steht die Persönlichkeit in ihrer Beziehungsdynamik im Vordergrund. Neben den interpsychischen Wechselwirkungen achten wir hier speziell auf Rollen, Funktionen und Delegationen des Beziehungssystems. Die Arbeit auf Stufe IV ist vor allem dort angezeigt, wo Beziehungsressourcen nicht ausgeschöpft sind oder wo beziehungssystemunterhaltende Rollen, Funktionen und Delegationen die Persönlichkeit des Lernenden blockieren oder behindern.